Shintaro Kisaragi es un hikikomori de 18 años que lleva encerrado en su habitación dos años con la única compañía de su ordenador y su conexión a Internet. Desde hace un año Shintaro vive «preso» de una ciberchica llamada Ene, la cual apareció en su pantalla de ordenador. Cuando por primera vez en dos años sale de suhabitación y llega al centro comercial, entra en contacto con el grupo de adolescentes llamado «MekakushiDan», quienes consiguen sabotear un secuestro con sus superpoderes visuales. Y una vez revelado su secreto, no pueden dejarle marchar a Shintaro como si nada
