Naruto y sus amigos se embarcan en una misión tras otra como parte de su entrenamiento mientras tratan de dar con el paradero del desaparecido Sasuke. Frustrado por el hecho de que Naruto parece progresar más rápido que él, Sasuke llega a la conclusión de que la única forma de hacerse más fuerte y vengar la muerte de su clan es desertar de la Villa Oculta de la Hoja y unirse a Orochimaru. Nada más conocerse la noticia, se organiza una partida para ir tras él, pero una vez le alcanzan, la única forma de hacerle entrar en razón es mediante un feroz combate que enfrenta el Chidori de Naruto tras desatar el poder del Nueve Colas contra el Rasengan de Sasuke después de activar su sello maldito. A partir de ese fatídico momento, los aprendices de ninja se aventuran en una misión tras otra como parte de su entrenamiento, pero Naruto lo hace con una sola idea en mente: encontrar pistas sobre el paradero de Sasuke.
