El joven Nathan, su mayordomo Yo-kai personal Whisper y el gato Yo-Kai Jibanyan ya forman un equipo estable en la búsqueda de Yo-Kai. Gracias a su reloj Yo-Kai Watch, Nathan puede descubrir a los traviesos seres invisibles responsables de modas que ponen los pelos de punta, danzas del vientre ridículas, clases interminables, comilonas involuntarias, noches en vela y toca clase de desastres. Por suerte, cuenta con la ayuda de Whisper, que está encantado de facilitarle información sobre los Yo-kai para que pueda conseguir sus medallas de amistad, aunque no siempre se le ocurran las mejores ideas..
