Naruto y el resto de habitantes de la Villa de la Hoja se preparan para el inevitable enfrentamiento contra Akatsuki en la Cuarta Gran Guerra Ninja que se avecina. Después de que la formación de la Alianza Ninja quede ratificada por los señores de las Cinco Grandes Naciones, los cinco kage regresan a sus villas para disponerlo todo para la Cuarta Gran Guerra Ninja que se avecina. Cuando los cinco Kage deciden mantener fuera del conflicto a los dos jinkurichi, Tsunade envía a Naruto a una isla remota con el pretexto de una misión secreta de vital importancia. Acompañado por Yamato, Gai y Aoba, Naruto se embarca en un viaje en el que hace frente a toda clase de obstáculos: criaturas marinas gigantes, barcos fantasma, promesas incumplidas de Jiraiya, ¡e incluso clones que se rebelan contra su maestro! Mientras, en la Villa de la Hoja, Sakura, Rock Lee y el resto entrenan con determinación para la inevitable guerra contra Akatsuki.
